混合均匀的物料在控制条件下，对抗生素菌渣进行好氧分解干化处理。分解罐布置有曝气系统，采用小型鼓风机对分解干化仓的不同区域，也针对分解干化不同的反应阶段，进行分区域精确供氧，以控制分解干化的工艺反应过程。分解罐内安装有抄料板，在翻抛物料的过程中，保证投加的抗生素菌渣和菌床充分混合，同时避免打碎菌床的木块，保证均匀性，且有效蒸发水分，同时使物料从仓内返料端逐步转移至出料端，从出料端出来后的物料含水率30%。出料采用皮带输送机至滚筒筛分机，一部分返回到菌床，小的筛下物转移至成品库。在抗生素菌渣好氧分解干化的过程中真菌和丝状菌起主要作用，现场无明显臭味，又保证了水汽蒸发的关键问题。
比传统处理工艺简单，处理设备少，减少了设备故障率及设备维护成本。含水量在90%以下的菌渣都可直接投入，无需添加外界辅料调节水分。料时进行筛分，大块部分回到菌床，筛下物作为土壤改良剂用于农业返田。